水口灣由多種海岸生境組成，包括紅樹林、潮間帶沙灘及泥灘、大石群和石灘，孕育超過180種物種。水口設有一個陸上法定海岸保護區，但潮間帶則不在保育範圍之內。潮間帶泥灘是幼年馬蹄蟹的重要產卵及育苗場，幼年馬蹄蟹會在泥灘上生活約十年，生長至性成熟才會遷徙至海中。水口灣南岸一帶流經紅樹林的小河口，則是魚苗的生境地，當中有不少屬高商業價值的物種。

水口灣一帶深受休閒活動的干擾，如滑翔傘和在潮間帶泥灘掘蜆等。現時掘蜆活動並沒有任何規管，遊人掘蜆時或會誤踩幼年馬蹄蟹，而且過度掘蜆也會改變泥灘中底棲物種結構、密度和獵物的數量（如多毛類）。體型大的文蛤亦因過度挖掘而逐漸消失。活動後遺留的垃圾大大污染環境，增加動物被垃圾纏繞致死的機會。2015年，水口被列為需優先清理海上垃圾的地點。

●將水口灣劃為海洋保護區，嚴格保護生態最敏感的地區，而外圍則容許有限度的康樂活動，例如掘蜆​
●在馬蹄蟹密集地區設立生態敏感區，定立對馬蹄蟹的長期監察和恢復計劃
●制定管理掘蜆及其他海洋資源採集活動的管理措施，如落實掘蜆守則及實施「收採尺寸」建議，定期監察海洋資源群落變化​
●推動社區為本管理模式，政府與社區共同制定管理措施，探討讓社區參與管理參觀設施甚至協助巡邏的可行性 ​
●制定海洋垃圾源頭減廢政策，實行每星期清潔泥灘，確保紅樹林和濕地環境清潔