果洲群島的淺水區擁有高密度鹿角珊瑚群落，而岩坡主要有軟珊瑚、多種八放珊瑚和黑角珊瑚品種。該處水域錄得至少120種魚類品種，當中29種屬本港稀有或瀕危，紅斑便是其中之一。果洲群島亦是燕鷗重要繁殖地點12。為避免珊瑚群落受破壞，漁護署於2015年在南果洲北面水域設立不宜碇泊區。2009年，郊野公園及海岸公園委員會制定果洲群島海岸公園草圖，一共覆蓋324.5公頃水域。該區域亦是聯合國教科文組織世界地質公園的一部分。

近數十年來，東果洲一直都是土木工程拓展署的海上海泥卸置區，相關卸泥活動影響水中的沉積物含量，但目前政府暫無意中止有關運作。商業和休閒捕魚（包括手釣、刺網、蛇籠和魚槍捕魚），以及非法捕魚活動頻繁，令該水域出現大量鬼網。該處屬於潛水熱點，島上亦曾有遊人干擾燕鷗巢穴和鳥蛋，但於加強巡邏和宣傳保護雀鳥保護後，情況已有改善。

●劃定果洲群島及附近水域為海岸公園，提升該水域受氣候變化影響的復原能力
●只容許持牌商業捕魚，並禁止三層刺網和蛇籠等非選擇性捕魚方式
●發牌規管潛水等休閒活動
●增設巡邏站（如設於浮台上），並與漁民緊密合作，打擊非法捕魚
●加強與內地聯合執法的通報機制，打擊非法捕撈和來自內地的拖網船（如採用自動識別系統），提升廣東與香港合作框架協議的成效